《伤寒论》本论398条中，论及咳嗽的条文计10条13次，涉及到多种病因和多个脏腑。
1.饮邪作祟致咳
饮邪作祟致咳是《伤寒论》论及咳嗽所提到的重要病机。人体水液代谢与肺、脾(胃)、肾、三焦、膀胱等脏腑密切相关，外邪犯及其经或其本脏阳虚，导致水液代谢失常，从而造成水饮内停；内有停饮，又易招外邪引动，易与邪热相结，从而泛滥脏腑。
(1)外受风寒，引动内饮
风寒犯及太阳之表，卫阳被遏，经气运行不畅。若其人素有停饮，或太阳膀胱经气不畅，气化失司，使水饮内停，必致外寒内饮为患，犯肺则引起咳嗽。
第40条：“伤寒表不解，心下有水气，干呕，发热而咳，或渴，或利，或噎，或小便不利、少腹满，或喘者，小青龙汤主之。”
第41条：“伤寒，心下有水气，咳而微喘，发热不渴……小青龙汤主之。”阐述了外寒内饮致咳的病机、主症及论治方药。其症除咳嗽、痰清稀，遇寒加剧外，还有恶寒发热、无汗而喘、呕恶、或小便不利，或下利，苔薄滑，脉浮紧等，治宜辛温解表，涤化水饮，方用小青龙汤。其中麻、桂、芍、姜、辛诸味解表涤饮，更用五味子敛肺止咳，半夏降逆化痰，如是则外邪内饮俱除，咳嗽自止。
(2)阳虚水泛，饮邪犯肺
第316条云：“少阴病，二三日不已，至四五日，腹痛，小便不利，四肢沉重疼痛，自下利者，此为有水气。其人或咳，或小便利，或下利，或呕者，真武汤主之。”
第197条云：“阳明病，反无汗而小便利，二三日呕而咳，手足厥者，必苦头痛。”均说明阳虚水犯，饮逆犯肺可致咳嗽。
前者乃邪犯少阴，肾阳虚衰，寒水内停，随气机升降而泛滥上下，犯肺则为咳，症见咳嗽与四肢沉重、腹痛、下利、舌淡、脉沉弦或沉迟等并见；
后者因阳明中寒，中阳伤而失却健运，水气不得宣化，射肺则为咳，症见咳嗽与呕吐、头痛、手足冷、无汗等并见。
治疗总应以温阳利水气为法，前者宜真武汤加姜、辛、味，壮阳利水兼敛肺止咳；后者原论未出方药，据证宜选吴茱萸汤加干姜、五味子，温阳散寒兼降逆止咳。如此，则阳旺饮化而咳嗽止。
(3)阴虚有热，水热互结
邪犯少阴，耗伤真阴，阴阳失衡，肾气不固，难司主水之职，致水饮内停，或素有水饮，加之阴虚内热，易致水热互结而成病。水气为患，犯肺则咳嗽，犯胃则呕，津不布则渴，热扰神明则心烦不眠。
第319条云：“少阴病，下利六七日，咳而呕渴，心烦不得眠者，猪苓汤主之。”治宜育阴润燥，清热利水。猪苓汤用猪苓、茯苓、泽泻甘淡渗湿利水，用阿胶甘平育阴润燥，用滑石清热祛湿利小便。咳嗽甚者，加入五味子。
上述真武汤证、猪苓汤证均有咳而下利，应辨其阴阳盛衰而恰当施治，万不可用汗法。强发其汗，必见谵语、小便难等逆候。
为此，第284条告诫曰：“少阴病，咳而下利，谵语者，被火气劫故也。小便必难，以强责少阴汗也。”
(4)少阳不利，水寒射肺
手少阳三焦主决渎，而通调水道，又为水火气机运行之道路；足少阳胆内藏精汁而主疏泄，胆气功能正常则枢机运转，三焦通畅。若邪犯少阳，枢机不运，经气不利，不仅会出现口苦、咽干、目眩、往来寒热、胸胁苦满、嘿嘿不欲饮食、心烦喜呕、舌白、脉弦细等症状，还常会影响三焦水道的通调，而出现咳逆、心下悸、小便不利等症。
96条：“伤寒五六日，中风，往来寒热、胸胁苦满、嘿嘿不欲饮食、心烦喜呕、或胸中烦而不呕，或渴，或腹中痛，或胁下痞硬，或心下悸、小便不利，或不渴、身有微热，或咳者，小柴胡汤主之。”所述正谓本型证治。小柴胡汤和解少阳，治咳应去人参、大枣之甘壅，去生姜之辛散，加五味子、干姜以收逆止咳，温肺蠲饮。气机和畅，三焦通利，则咳嗽自止。
2.邪热犯肺致咳
198条：“阳明病，但头眩，不恶寒，故能食而咳，其人咽必痛；苦不咳者，咽不痛。”本条为阳明风热犯肺，胃热上熏于肺而致咳嗽，正是《素问·咳论》“皆聚于胃，关于肺”之谓。头眩、不恶寒、能食、咽痛诸症，皆出于邪热内蕴或上熏，或可见咳痰黏稠或黄、大便不通、口渴等症。若不咳，是肺胃未受影响，故咽亦不痛。对其治疗，条文中未列，根据病机证候，若夹有表证，宜宣肺清热，佐清胃通下，可选麻杏石甘汤合甘桔汤加大黄；若未兼表(热)证，可用调胃承气汤合甘桔汤，邪热除则咳嗽止。
3.气机逆乱致咳
一身之气机，贵在通畅条达，如此则升降出入有序，阳气行通达温煦之能。
318条所论述的“少阴病，四逆，其人或咳，或悸、小便不利，或腹中痛，或泄利下重者，四逆散主之”，正是气机逆乱，肝不升，胃不降之患。盖少阴属心、肾，正常情况下，心在上，心阳下温肾水；肾在下，肾水上奉于心。若邪犯少阴，影响气机升降，则可出现咳嗽、咳声高亢(肺气上逆)、四肢轻微厥冷(气机逆乱，阴阳之气不相顺接)，或可见心悸、小便不利、腹中痛等症，治宜疏肝理气，行滞开郁，使气机条畅通达，则诸症自除。用四逆散加干姜、五味子。方中柴胡主升，枳实主降，芍药和肝调气机，炙甘草和中以斡旋，加干姜、五味子一散一收，逆从激荡，使肺气宣通，其咳自止。
此外，《伤寒论》还把“令(病人)咳”作为判断太阳病误用重汗是否伤及肾阳(气)的辅助诊断方法，若“令咳不咳”，说明病人“耳聋不闻”，是既伤心阳又伤及了肾气，因为“肾在窍为耳”、“心寄窍于耳”。
总之，咳嗽一证，貌似简单，治疗却较棘手。《伤寒论》所述虽未能尽赅内科咳嗽全貌，但不失其重要的指导意义。临床上，对咳嗽应首辨表里寒热虚实，同时应明确病位，紧扣病因，恰当用药，以收全效。
另火神派弟子唐步祺老先生把一生治疗咳嗽的方法总会于其《咳嗽之辩证论治》，欲得详细参研，此不失为一部好书。
附：认病捷要总诀！（阴阳思维极为重要）
发热类
发热而身疼者，外感也（自汗桂枝汤，无汗麻黄汤）。发热而身不疼，饱闷吞酸者，内伤于食也（平胃散加消食行气之药）。发热身疼，不恶寒，舌黄而饮冷者，热伤于里也（白虎汤加桂枝、干葛）。
发热身疼，恶寒，口不渴者，邪入少阴也（麻黄附子细辛汤）。素禀不足，无故身大热，舌青欲饮极热者，元阳外越也，亦有口不渴者，皆同（吴萸四逆汤）。小儿发热，气粗口热者，表里俱病，内有热也（人参败毒散加芩、连、栀子）。发热出气微温，而口不热，小便清长，大便不实，素有疾者，元气不固也（理中汤、六君子汤之类）。
疟疾
寒热往来而有定候者，真疟也。一日一发而在上半日者，邪在三阳为病也（宜小柴胡加桂、葛）。一日一发而在下半日者，邪在三阴为病也（宜理中汤加柴、桂）。二日一发者，病深一层也（按寒热轻重治之）。单热无寒，渴饮冷不休者，病在阳明也（宜白虎汤）。单寒无热，欲饮热者，病在太阴也（宜理中汤）。饱闷不舒，而发寒热者，食疟也（平胃散加查曲、柴胡）。先吐清水，而后发寒热，欲饮极热汤者，脾阳外越，似疟而实非疟也（宜吴萸四逆汤）。
鼓胀
单腹胀而四肢不胀，舌青欲饮热者，阴邪伏于中而闭塞清道也（宜理中汤、或吴萸四逆汤）。单四肢胀，而腹不胀者，脾阳不固，发散于四末也（宜理中汤加西砂）。有周身鼓胀，不渴不欲食者，元气涣散也（宜收纳，切忌消肿，如理中、回阳之类）。
有胀而皮色如血者，阴乘于上而作也（宜补阳以消阴，如阳旦汤、潜阳丹）。有胀而皮色如水晶，内无他病者，水气散于皮肤也（宜五皮饮）。胀病亦多，握定阴、阳辨诀治之，决然不错。
（本文摘录自《郑钦安医学三书》）
积聚
腹中有块，无拘左右，痛而始有形，不痛而即无形者，瘕症也（宜活血行气，如当归补血汤，加桂、麦芽）。不痛而亦有形，按之不移者，疒征病也（宜三物厚朴七气汤），有嗳腐，大便极臭，而腹中有块者，宿食积聚也（平胃散加大黄，莪术）。有痰涎不止，腹中累累觉痛，作水声者，痰湿积聚也（宜桂苓术甘汤、理中汤加砂、半）。有小腹硬满，小便不利者，血积聚于下焦也（宜五苓加桃仁、红花）。
总之喜揉按者，阴之积聚，由于阳不化阴也（宜温解）。手不可近者，阳之积聚。由于气不活而血壅甚也（宜攻破）。治积聚亦不出阴、阳两法。
痰饮
痰饮者，水湿之别名也。脾无湿不生痰，水道清则饮不作。痰清而不胶者，胃阳不足以行水也（宜温中、理中汤）。痰黄而胶，喜生冷者，火旺而津枯也（宜鸡子黄连汤）。痰白、痰青、痰咸，皆由于阳不足（宜温、宜补）。痰臭、痰吐如丝不断，痰结如砂石者，皆由于阴亏火旺（宜五味子汤养血汤）。《金匮》列五饮之名，亦当熟看。
咳嗽
咳而兼发热身疼者，外感也（小青龙、麻黄汤之类）。咳而不发热身痛，饱闷嗳腐臭者，饮食为病也，亦间有发热者（宜平胃散加麦、曲）。咳而身大热，喜极热汤，唇舌青白者，元阳外越，阴气上干清道也（宜吴萸四逆汤）。咳而身如瓮中，欲饮热者，肺为寒痰闭塞也（宜苓桂术甘汤加细辛、干姜、五味子）。咳而口干喜冷饮，二便不利者，肺为火逼也（宜泻白散中加苏叶、桅子）。干咳而无痰者，肺燥血虚也（宜补血汤合黑姜甘草汤，加五味子）。咳而痰水如泉涌者，脾阳不运也（宜理中加砂、半、吴萸、茯苓）。咳症虽多，总以阴、阳两法辨之即可。
喘
喘而发热、身疼者，寒邪闭塞肺窍也（宜麻黄汤倍麻）。喘而不发热、身疼，舌青、二便自利者，元气上腾也（宜潜阳丹）。喘而身大热，面赤如硃，口不渴，唇、舌青、白者，元阳外越也（宜吴萸四逆汤）。
呕吐
呕吐水谷，尚欲饮冷者，热隔于中也（宜黄连生姜汤）。呕吐而欲饮极热者，寒隔于中也（宜理中加吴萸）。呕吐身热头痛者，挟外感也（宜桂枝汤倍生姜、加吴萸）。呕吐身大热而无外感，尚欲饮热者，脾阳外越也（宜附子理中加吴萸）。凡吐症发热者多，因吐气机向外，故身亦发热，以身不痛为据。
霍乱
腹痛吐、泻交加，而欲饮水者，热隔于中，阻其阴、阳交通之机也（宜五苓加炒枝）。吐、泻交加而欲饮热者，寒隔于中，阻其阴、阳交通之机也（宜理中汤）。
呃逆
呃逆来饮水即止者，胃火上冲也（宜大承气汤主之）。呃逆来而欲极热饮者，阴邪上干清道也（宜吴萸四逆汤）。
痢症
痢症不拘赤、白，舌黄、脉有神者，燥热为病也（宜大黄木香汤）。痢症红、白，脉无神而口不渴者，下焦阳衰，不能化下焦之精血也（宜附子理中加小茴、安桂）。痢症红、白，身大热而渴饮极热，或不渴而舌青滑者，元阳外越，而内无阳以化肠胃中之精血也（宜吴萸四逆汤）。若大热、舌黄，饮冷不休，日数十次者，胃热极也（宜白虎汤加柴、葛）。痢疾初起，发热身疼脉浮者，外感也（宜人参败毒散）。
头痛
头痛如裂，身无他苦，舌青、不渴，或身大热，或脉劲者，此皆元阳外越，暴脱之候，切忌发散，法宜收纳（宜四逆汤，或潜阳丹）。头痛、身热、颈、背强痛者，风寒袭于太阳也（宜桂枝汤）。六经各有头痛，须按法治之，此不过明其危险者。
耳、目、口、鼻、唇、齿、喉
各部肿痛，或发热，或不发热，脉息有神，舌黄、饮冷，二便短赤，精神饮食一切不衰者，气有馀之症也（宜清凉、升解、攻下，如小柴胡、甘桔、白虎、凉膈、导赤之类）。各部肿痛，或发热，或不发热，脉息无神，脉浮大而空，或坚劲如石，唇、口、舌青白，津液满口，喜极热汤，二便自利，间有小便赤者，此皆为气不足之症，虽现肿痛火形，皆为阴盛逼阳之的候。市医往往称为阴虚火旺，而用滋阴降火之药者极多，试问有阴虚火旺，而反见津液满口，唇、舌青滑，脉息无神，二便自利者乎？吾愿天下医生，切切不可见头治头，见肿治肿，凡遇一症，务将阴、阳、虚、实辨清，用药方不错误。
心痛
心中气痛，面青、肢冷、舌滑、不渴者，寒邪直犯于心君，由君火衰极也（宜四逆汤）。心中气痛，面赤、舌黄、欲饮冷者，热邪犯于心包也（宜桅子大黄汤）。
胸、腹、胁、背、腰、肘、胯、膝，痛、肿
各部肿与痛，而不喜手按者，或发热，或不发热，恶寒喜热，舌黄、便赤、脉息有神，乃为气血壅滞，皆有馀之候（宜活血、行气清凉之品）。各部或肿或痛，而喜手按者，或发热，或不发热，舌青喜热饮，二便清长，脉息无神，人困极者，乃阳衰不能运行，皆为不足之候（宜温中、行气之品）。
二便病
二便不利，腹胀、烦躁、舌黄、饮冷，脉息有神者，乃阳邪闭结也（宜清凉分利、攻下之品）。二便不利，腹不满，人安静，口不渴，喜卧，脉息无神，舌青滑者，阴邪闭于下，由阳不足，不能化阴也（宜温补、回阳之品）。
辨认脉法
气有馀：所现浮、洪、长、大、实、数、紧之类。（倘病现阴色不合脉，舍脉从病）。
气不足：所现沉、迟、细、微、虚、短、涩之类（倘病现阳色不合脉，舍脉从病）。
辨认诸症法
气有馀：所现脉息、声音、面色、饮食、起居，一切有神。
气不足：所现脉息、声音、面色、饮食、起居，一切无神。
辨认疮法
气有馀：所现红肿、高凸、痛甚、烦躁，人有神者，痈也。
气不足：所现皮色如常（慢）〔漫〕肿，不痛，人无神者，疽也。
辨认痘法
气有馀：所现痘色紫红，或夹斑疹，顶焦、唇红、便闭之类。
气不足：所现痘疮灰、陷、平塌、寒战、唇口青白、便利之类。
辨认目疾法
气有馀：所现红肿、痛胀、眵翳、障雾、赤脉、泪多、烦躁之类。
气不足：所现痛胀不甚，翳雾障膜虽多，不觉大苦之类。
辨色法
气有馀：所现色紫红，口唇如硃，烦躁不宁。色不合病，舍色从病。
气不足：所现色滞暗，青白无神，唇口嘿青。病不合色，卒闭须知。
辨舌法
气有馀：所现舌黄、干白、紫红、黑黄、纯干黑，烦躁，饮冷。
气不足：所现舌青滑，润黄、黑润、干黑色、或青中带黄，或黄中带白，黑而润，津液满口，其人安静，而喜热饮之类。
辨口气
气有馀：所现气粗，气出蒸手，出言厉壮之类。
气不足：所现气微、气短、气冷，出言微细之类。
辨口流涎水
气有馀：所现流涎不止，口热，思水饮者，胃火也。
气不足：所现流涎不止，口冷，思热汤者，胃寒也。
辨二便
气有馀：所现尿短赤、黄、红、粪鞕、羊矢、极臭、极黄之类。
气不足：所现尿清长，间有黄者，粪溏、色白、色青之类。
辨皮毛肌肤
气有馀：所现皮干枯、皮粗、毛干枯、肌肤燥痒之类。
气不足：所现皮肉光润、毛泽，肌肤虽瘦，无燥痒之形。
辨饮食
气有馀：所现食多易消，善饥，喜饮汤水。
气不足：所现食少难消，反饱，喜硬食物。
辨起居性情
气有馀：所现身轻，喜动游，怒骂，喜笑、狂叫之类。
气不足：所现身重，嗜卧，不言不语，愁闷忧思之类。
【阐释】认病捷要总诀共二十九条，前十六条分别论述发热、疟疾、鼓胀、积聚、痰饮、咳嗽、喘、呕吐、霍乱、呃逆、痢症、头痛、耳、目、口、鼻、唇、齿、喉、心痛、胸、腹、胁、背、腰、肘、胯、膝痛肿、二便病等十六种病症的病因、病象、病机的辨认法，及其应用的方药，均直切了当，便于实用，本此以辨症，方不致误，不愧称为捷要总诀。十七条至廿九条自辨认脉法至辨起居性情，皆以气有馀及气不足两大纲分列其要点，亦皆宝贵的经验之谈。原文简洁明晰。笔者常用此以辨病，从未有错。
